El Departamento de Madera, Celulosa y Papel para llevar a cabo sus tareas de investigación está organizado en Unidades Departamentales que lo constituyen los siguientes Centros de Investigación:
- Centro de Investigación en Biomateriales
- Centro de Investigación en Fibras Pulpeo y Blanqueo
- Centro de Investigación Papelero USD/JPY
- Centro de Investigación Propiedades y Usos de la Madera
- Centro de Investigación Pulpas de Alto Rendimiento y Plasma Frío
- Centro de Investigación Pulpas en Química de Recursos Bióticos e Instrumentación Analítica
- Centro de Investigación Pulpas en Recursos Forestales y Biotecnología Ambiental
